Οι οργανικές και οι ανόργανες χρωστικές διακρίνονται με βάση την προέλευση και τις χημικές τους ιδιότητες.
Πηγή: Οι οργανικές χρωστικές εξάγονται ή συντίθενται από ζώα, φυτά, μέταλλα ή τεχνητά συντιθέμενες οργανικές ενώσεις. Οι ανόργανες χρωστικές εξάγονται ή συντίθενται από μεταλλεύματα, ορυκτά ή συνθετικές ανόργανες ενώσεις.
Χημικές ιδιότητες: Τα μόρια των οργανικών χρωστικών συνήθως αποτελούνται από πολύπλοκες δομές που περιέχουν άνθρακα και το χρώμα τους καθορίζεται από τη χημική δομή της οργανικής ένωσης. Τα μόρια των ανόργανων χρωστικών συνήθως αποτελούνται από ανόργανα στοιχεία και το χρώμα τους καθορίζεται από τις ιδιότητες και τη δομή των στοιχείων.
Σταθερότητα: Οι ανόργανες χρωστικές είναι γενικά πιο σταθερές από τις οργανικές χρωστικές και πιο ανθεκτικές στο φως, το οξύ, τα αλκάλια και τη θερμότητα. Οι οργανικές χρωστικές μπορεί να διασπαστούν ή να αλλάξουν χρώμα υπό ορισμένες συνθήκες. Εύρος χρωμάτων: Λόγω των διαφορών στη χημική τους δομή, οι οργανικές χρωστικές έχουν γενικά ευρύτερο φάσμα χρωμάτων, επιτρέποντας πιο ζωντανά χρώματα. Οι ανόργανες χρωστικές έχουν σχετικά στενή γκάμα χρωμάτων. Πεδία εφαρμογής: Οι οργανικές χρωστικές είναι κατάλληλες για βαφές, χρώματα, πλαστικά, χαρτί και άλλα πεδία. Οι ανόργανες χρωστικές χρησιμοποιούνται ευρέως σε κεραμικά, γυαλί, χρωστικές ουσίες, επιστρώσεις και άλλους τομείς.

Θα πρέπει να σημειωθεί ότι τόσο οι οργανικές όσο και οι ανόργανες χρωστικές έχουν τα δικά τους πλεονεκτήματα και χαρακτηριστικά και η επιλογή της χρωστικής που θα χρησιμοποιηθεί εξαρτάται από τις συγκεκριμένες ανάγκες εφαρμογής και το επιθυμητό αποτέλεσμα.